Koncept, na jakim została oparta fabuła, jest z pozoru absurdalny. Michał Sult, profesor filozofii mieszkający w Krakowie, a przy tym najinteligentniejszy człowiek w kraju, otrzymuje propozycję od ministra sprawiedliwości, żeby – w związku z precedensową sprawą sądową, gdzie stawką jest zwrot datków, jakie pewien człowiek przekazywał przez całe życie na rzecz Kościoła katolickiego – ocenić, czy Bóg istnieje. Nawet jeśli brzmi to niepoważnie, Miłkowski buduje fabułę w taki sposób, by wydawało się, że nie ma tu miejsca na żarty. Sult prędko zgadza się zabrać głos w sprawie, jest jednak świadomy, że wyrok będzie miał wielowymiarowe konsekwencje. Jeśli orzeknie, że Bóg istnieje, umożliwi religijnym fanatykom ustanowienie w Polsce czegoś w rodzaju państwa religijnego, z drugiej zaś strony – jeśli powie, że Boga nie ma, może się to wiązać z miliardowymi roszczeniami, jakie wierzący wysuną wobec Kościoła. Rozstrzygnięcie tego problemu mogłoby rozwinąć karierę Sulta, niemniej jednak okazuje się ono skomplikowane, naukowiec powołuje więc komisję – w której skład wchodzą ksiądz-fizyk teoretyczny, reżyserka teatralna, pisarz-ateista, pielęgniarka, psychoterapeuta oraz zwycięzca programu telewizyjnego wyłaniającego najprzeciętniejszego Polaka – mającą na celu wypracowanie zgodnego stanowiska. Każda z osób, przynajmniej na pierwszy rzut oka, ma ugruntowane poglądy, każda stara się bronić ich za wszelką cenę, przy czym w tle toczy się inna gra: intryga rodem z książek Agathy Christie.

Powieść Miłkowskiego można by z tego powodu nazwać kryminałem (a raczej antykryminałem), w którym najbardziej interesującą kwestią jest nie to, kto zabił, ale czy ten, kto zabił, w ogóle istnieje. Obrady komisji, próbującej dowieść jakichkolwiek form obecności Boga, prowadzone są bowiem niczym detektywistyczne śledztwo, a przy tym równie interesujące. Wielki talent narracyjny Miłkowskiego objawia się właśnie w tym, że dyskusję na temat argumentu ontologicznego świętego Anzelma potrafi przedstawić tak, jak gdyby była fragmentami powieści Toma Clancy’ego. Że jest to wykonalne, dowiodło ponad pół wieku temu 12 gniewnych ludzi, z którymi zresztą System Sulta ma wiele wspólnego. Chodzi nie tylko o zauważalną zbieżność fabularną – grupa ludzi obraduje w niecodziennych warunkach, w zamknięciu i z dużą nerwowością – lecz także o gęstniejącą atmosferę, która nakazuje, by zachować ostrożność i nie ufać nikomu. O ile dla Michała Sulta, aspołecznego geniusza, zmaganie się z innymi ludźmi nie jest być może intelektualnym wyzwaniem, skoro bohater za każdym razem potrafi domyślić się, co powiedzą jego rozmówcy, o tyle mierzenie się z Bogiem przybiera formę mierzenia się ze swoimi demonami, prowokuje do stawiania sobie niewygodnych pytań, na które trudno znaleźć odpowiedź, a także do kwestionowania wszystkiego, w co wierzyło się jeszcze niedawno (jeśli w przypadku Sulta można mówić o jakiejkolwiek wierze): „Nowak niczym się nie kieruje, Nowak jest żaden. A ja? Czym ja się właściwie kieruję? Raczej nie moralnością, raczej nie kompleksami, z pewnością nie funkcją. Może więc, tak jak Nowak, nie kieruję się niczym? Może też jestem żaden?”.

Sult jest zradykalizowanym użytkownikiem krytycznego rozumu. Koncept Boga wydaje mu się nieco komiczny, złożony z prostych klisz, domagający się groteskowego ceremoniału, przewidywalny, a w dodatku – nie stanowi żadnej próby sił: „Gdyby Bóg istniał, pomyślał Sult […], można by sobie z nim poradzić w pięć minut. Bóg nieistniejący może zaś okazać się niezwyciężony i możliwe, że żadne moje sztuczki niczego nie zmienią”. Nad religijną emocjonalność Sult stawia wyżej trzeźwy osąd sytuacji i wszystko, co może, stara się oceniać za pomocą rozsądku. Nie przewiduje jednak, że w finale nawet zaufana logika może zawieść, a mozolnie budowane przeświadczenia o naturze świata – runąć w gruzach. Miłkowski ciekawie pogrywa z głównym bohaterem, pokazując, że z fizyką wygrywa jednak metafizyka – zarówno dlatego, że ta pierwsza nigdy „nie przyciąga tłumów”, jak i dlatego, że ta druga obfituje w tajemnice, które być może na zawsze powinny zostać tajemnicami. Nie znaczy to wcale, że pytań o naturę rzeczywistości nie warto zadawać, wręcz przeciwnie. Miłkowski stawia ich wiele i w tym sensie lektura jego powieści okazuje się przeprawą przez nierozwiązane dylematy społeczno-filozoficzne. Dyskutując o szkodliwości religii, członkowie komisji zastanawiają się, jaki wpływ miał Kościół na historię, czy nadmiernie nie spowolnił rozwoju cywilizacyjnego, czy nie dopuścił się zbyt wielu zbrodni, aby nadal móc działać w takim samym trybie, jak wcześniej. Pytają też, czy potrafimy wyobrazić sobie świat, w którym Kościoły funkcjonują jak związki wyznaniowe albo jak partie polityczne i kluby sportowe, czy jesteśmy w stanie obmyślić porządek świata, który opierałby się na diametralnie innych założeniach. I jak wyglądałaby Polska bez Boga? Czy wciąż chodzilibyśmy ulicą Biskupią? A może zapanowałyby chaos i anarchia?

Najważniejsze Miłkowski zostawia na koniec, dowcipnie, a nawet czule upokarzając swojego bohatera, który dowodzi, że domeną fizyki jest tylko to, co istnieje. Ze sztuką – mówi Sult – jest podobnie: „zaczyna się jako fizyka i w swoich najdoskonalszych przejawach nadal trwa jako fizyka. Jedynie literatura jest metafizycznym zwyrodnieniem. Zajmuje się tym, co nie istnieje”. Jednak tym samym Sult nieświadomie unieważnia własną egzystencję – im bliższy jest obalenia Boga i „pokrętnej, nielogicznej” metafizyki, tym bardziej obala samego siebie; istnienie obu wisi na włosku. Metafizyka, chcąc nie chcąc, jest więc konieczna, nieważne, czy związana z boską istotą, czy też nie. Tylko tyle i aż tyle. Ale działa to również na innej płaszczyźnie, na płaszczyźnie „meta”. Miłkowski bowiem, pisząc o relacji Boga z człowiekiem, pisze tak naprawdę o Autorze i (jego) twórczości literackiej. Można wysnuć z tego najróżniejsze wnioski: zarówno takie, że literatura jest czymś nieodzownym, że to ona gwarantuje naszą ciągłość, jak i takie, że nie jest jedynie grą, ale siłowaniem się… No właśnie – siłowaniem się z czym? Z Absolutem? Z naszymi możliwościami poznawczymi? Czy też, na odwrót, jest właśnie demiurgicznym kreowaniem, „ufizycznianiem nieistniejącego”?

Wśród tych zagadek jest jeden pewnik: dłuższa forma służy Miłkowskiemu. W Systemie Sulta nie tylko udowadnia on, że wciąż czuje się najlepiej, mówiąc o literaturze, a także o formach, w jakich wpływa ona na nasze życie, i pokazując, jak podporządkowujemy się wszechobecnej fikcji, lecz także – a może przede wszystkim – że wciąż można powiedzieć coś na serio, pisząc ironicznie i z humorem. Ta autorska cecha, w polskiej literaturze chyba w zaniku, jest wyjątkowo odświeżająca.